Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...atcaagagaagtcgagtccagaaagtatagaccccaattgacaatggctattctcatccttgcagcaactcactggcatgaatttatgtttatgcttcagGACACTTGGTTTTGGAAGTAGTACTGCACTCATATCCTCTGATCCCTGCCATGGCCAATGCTGCTACTACCCTTGTTTCAGTCTGTGCAGAGGAAGGAAA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ggctattctcatccttgcagcaactcactggcatgaatttatgtttatgcttcagGACACTTGGTTTTGGAAGTAGTACTGCACTCATATCCTCTGATCCCTGCCATGGCCAATGCTGCTACTACCCTTGTTTCAGTCTGTGCAGAGGAAGGAAA
aactcac putative branch site (score: 2)
atgaatttatgtttat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
atcaagagaagtcgagtccagaaagtatagaccccaattgacaatggctattctcatccttgcagcaactcactggcatgaatttatgtttatgcttcagGACACTTGGTTTTGGAAGTAGTACTGCACTCATATCCTCTGATCCCTGCCATGGCCAATGCTGCTACTACCCTTGTTTCAGTCTGTGCAGAGGAAGGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- -aagagaa
- - - - - - - - -ccagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - accccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caactca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgaa