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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attccgcttttcgtttttcctcggtttctccgcaaccgagcagggaatgttgaaaccgagaaactgagagatttgatttttatttcttgtttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCGCTAAACTCCGCGTACACCACCGAAGAGTTCGAGTTTTACCTATCCGACT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03660.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71864333|gb|DT013388.1|DT013388
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71862032|gb|DT011087.1|DT011087
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|161717439|gb|FC067552.1|FC067552
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71862164|gb|DT011219.1|DT011219
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71863240|gb|DT012295.1|DT012295
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71862112|gb|DT011167.1|DT011167
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|161713823|gb|FC063458.1|FC063458
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71860521|gb|DT009576.1|DT009576
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71864396|gb|DT013451.1|DT013451
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71863636|gb|DT012691.1|DT012691
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|161718971|gb|FC067016.1|FC067016
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
EST: gi|71860487|gb|DT009542.1|DT009542
EST:     GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAG                         TCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG
genomic: GCATCAACCCCGGCGATGTCGTCGCTCTCACCTTCCCAAACACCATCGAGgtgagttttc ... ttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgttgaaaccgagaaactgagagatttgatttttatttcttgtttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCGCTAAACTCCGCGTACACCACCGAAGAGTTCGAGTTTTACCTATCCGACT
                         atttgat  putative branch site (score: 5)
                               tttttatttcttgttt  CT-rich tract
                         atttgatttttatttc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attccgcttttcgtttttcctcggtttctccgcaaccgagcagggaatgttgaaaccgagaaactgagagatttgatttttatttcttgtttggttgcagTCTGTGGTGGTGTTCTTGGCTGTAATTCGATGTCGAGCCACCGCTGCGCCGCTAAACTCCGCGTACACCACCGAAGAGTTCGAGTTTTACCTATCCGACT

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