1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agcaaggaatgtactggctttgattaaaattgctgtgttatcttgcattctttaacataatcctttggtgttctgtctttttgttcttttaaatccaaagGAAGCAGACTTGGTTTTGGGTGGTGATGAGGGCAAGGAATGCACCTATATCAAGGGTTATATGAAGAGGCAGGCAATTTTTTCATGTTTGACTTGCACTA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv02s0025g01440.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cattctttaacataatcctttggtgttctgtctttttgttcttttaaatccaaagGAAGCAGACTTGGTTTTGGGTGGTGATGAGGGCAAGGAATGCACCTATATCAAGGGTTATATGAAGAGGCAGGCAATTTTTTCATGTTTGACTTGCACTA
ctttaac putative branch site (score: 3)
ttctgtctttttgttc putative PPT
tttttgttcttttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agcaaggaatgtactggctttgattaaaattgctgtgttatcttgcattctttaacataatcctttggtgttctgtctttttgttcttttaaatccaaagGAAGCAGACTTGGTTTTGGGTGGTGATGAGGGCAAGGAATGCACCTATATCAAGGGTTATATGAAGAGGCAGGCAATTTTTTCATGTTTGACTTGCACTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
-gcaagga
- - - - - - - tggcttt
- - - - - - - - - - - attaaaa
- - - - - - - - - - - - - - -ttgctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcattct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacataa