1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gaccttgattgtgtgatatgtgcaatgtgtgcccatggactttatgtttcataattcccttttcgaatggtagctgaaatttgaatgatatggtttgcagGTGTCCTCAATTCGTGCAAGCAAATCAGATGATAAAAGGCTGTCCATATTCACGGGAACAAAAACTCTTCACTTGCGTTGCATATCTAGGGAGGATAGAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0137g00290.t01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtttcataattcccttttcgaatggtagctgaaatttgaatgatatggtttgcagGTGTCCTCAATTCGTGCAAGCAAATCAGATGATAAAAGGCTGTCCATATTCACGGGAACAAAAACTCTTCACTTGCGTTGCATATCTAGGGAGGATAGAT
aaatttgaatgatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaccttgattgtgtgatatgtgcaatgtgtgcccatggactttatgtttcataattcccttttcgaatggtagctgaaatttgaatgatatggtttgcagGTGTCCTCAATTCGTGCAAGCAAATCAGATGATAAAAGGCTGTCCATATTCACGGGAACAAAAACTCTTCACTTGCGTTGCATATCTAGGGAGGATAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
gaccttg
- - - - -tgtgtga
- - - - - - - - tatgtgc
- - - - - - - - - - - - -tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - ccatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgata