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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcttccttctgatgttattcgtccattttttttagccttggaagttatttcggcgaccaggggttagggttttctatcaggagaggtatcatggttaattgattgattaattggttggtcgattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTATGGAACGTAGAAACAGGGGCGCAGCTTTTTACCTTCAATTTTGATTCTCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g06630.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349811833|gb|FQ410630.1|FQ410630
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351053113|gb|FQ455570.1|FQ455570
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351045922|gb|FQ441305.1|FQ441305
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
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EST: gi|161715917|gb|FC068743.1|FC068743
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351037979|gb|FQ465217.1|FQ465217
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351049149|gb|FQ449871.1|FQ449871
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351048997|gb|FQ449840.1|FQ449840
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351039814|gb|FQ464852.1|FQ464852
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351048315|gb|FQ449407.1|FQ449407
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|161714768|gb|FC063928.1|FC063928
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
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EST: gi|351035651|gb|FQ463496.1|FQ463496
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCGGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351025059|gb|FQ433476.1|FQ433476
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|349811971|gb|FQ410768.1|FQ410768
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
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EST: gi|351036544|gb|FQ457257.1|FQ457257
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
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EST: gi|351055042|gb|FQ440381.1|FQ440381
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|161719546|gb|FC067966.1|FC067966
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351012497|gb|FQ430061.1|FQ430061
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351040625|gb|FQ438169.1|FQ438169
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGCCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351048939|gb|FQ449782.1|FQ449782
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACCACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351048235|gb|FQ442205.1|FQ442205
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351015244|gb|FQ445528.1|FQ445528
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|349831103|gb|FQ420773.1|FQ420773
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351029364|gb|FQ436758.1|FQ436758
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351012844|gb|FQ430407.1|FQ430407
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351053994|gb|FQ441760.1|FQ441760
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
EST: gi|351055014|gb|FQ440353.1|FQ440353
EST:     CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCA                         GGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT
genomic: CGGCACCTATCGTGGACACAACGGTGCCGTTTGGACCTGCGATGTCTCCAgtatgtcttc ... gattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaggagaggtatcatggttaattgattgattaattggttggtcgattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTATGGAACGTAGAAACAGGGGCGCAGCTTTTTACCTTCAATTTTGATTCTCC
                             gattaat  putative branch site (score: 3)
                   ttaattgattgattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtatgtcttccttctgatgttattcgtccattttttttagccttggaagttatttcggcgaccaggggttagggttttctatcaggagaggtatcatggttaattgattgattaattggttggtcgattgttcagGGGATTCGATGCGGCTGATCACTGGAAGTGCAGACCAGACGGTGAAGCTATGGAACGTAGAAACAGGGGCGCAGCTTTTTACCTTCAATTTTGATTCTCC

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