Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tgcttgttggtctttaattttgtggaatgcttgacctgatcatgaggtgatatgtttttcaaacagtgaatgactttatatgggttctgatgtcttgtagGATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATACTGGAAAAAGAAGCTCCAGGAAGAGGCAGCAGCCAAGGAGACTGATGCA
Basic information
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|71869376|gb|DT018431.1|DT018431EST: TTTGGACGCAGAAGATTTCTATCTTTCCCTTTGGTGATCGGAGCAGTCGT GATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATA
genomic: TTTGGACGCAGAAGATTTCTATCTTTCCCTTTGGTGATCGGAGCAGTCGTgttagtttct ... tgtcttgtagGATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATA
EST:
gi|71868305|gb|DT017360.1|DT017360EST: TTTGGACGCAGAAGATTTCTATCTTTCCCTTTGGTGATCGGAGCAGTCGT GATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATA
genomic: TTTGGACGCAGAAGATTTCTATCTTTCCCTTTGGTGATCGGAGCAGTCGTgttagtttct ... tgtcttgtagGATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ggtgatatgtttttcaaacagtgaatgactttatatgggttctgatgtcttgtagGATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATACTGGAAAAAGAAGCTCCAGGAAGAGGCAGCAGCCAAGGAGACTGATGCA
ttctgat putative branch site (score: 3)
tatgttttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tgcttgttggtctttaattttgtggaatgcttgacctgatcatgaggtgatatgtttttcaaacagtgaatgactttatatgggttctgatgtcttgtagGATTGGAGTTGTTTCTGGGAAGGCAATATTTGGACCCCCACTTGATGAATACTGGAAAAAGAAGCTCCAGGAAGAGGCAGCAGCCAAGGAGACTGATGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
tgcttgt
- - - - - - - - - - - - gaatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacagt