Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtttgattattttaggaatggtttcaaaattattgtctttttctgagataaagttggaaaattggagtgatttgtgaattgttggtttgactaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAGGAGAAGAATGGAGTGAAGCTACCAAGTTACAAAGGAGACAATATAAATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0391g00070.t01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110693008|gb|EE068861.1|EE068861
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|352785934|gb|FQ475937.1|FQ475937
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|71855694|gb|DT004749.1|DT004749
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110732198|gb|EE107276.1|EE107276
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTTAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|352781871|gb|FQ469168.1|FQ469168
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|18458715|gb|BM436993.1|BM436993
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|352785341|gb|FQ477555.1|FQ477555
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTCGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|71876174|gb|DT025229.1|DT025229
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|161716939|gb|FC068136.1|FC068136
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110686924|gb|EE063895.1|EE063895
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTANGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110707883|gb|EE084788.1|EE084788
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGGTCA-TTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGA
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGG-TCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGA
EST: gi|352776575|gb|FQ474877.1|FQ474877
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAAGGCCC-ATCCATTTGA
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTA-GGTCCGATCCATTTGA
EST: gi|110684633|gb|EE062132.1|EE062132
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|111283828|gb|EE296918.1|EE296918
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|161713267|gb|FC063081.1|FC063081
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|161721625|gb|FC070835.1|FC070835
EST:     CCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: CCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110703030|gb|EE079517.1|EE079517
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110699706|gb|EE076937.1|EE076937
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110692039|gb|EE070829.1|EE070829
EST:     CTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: CTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|77585897|gb|DV222052.1|DV222052
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTA
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTA
EST: gi|352781581|gb|FQ468879.1|FQ468879
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|156738155|gb|EV242276.1|EV242276
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|110698687|gb|EE076473.1|EE076473
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAG                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAN
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAG
EST: gi|161721337|gb|FC069720.1|FC069720
EST:     TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAA                         GTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAG
genomic: TCCAGATGGGTGCTGTTCTTATGTTTGGAGGTCAAGTGCCTGTGATTAAGgttagatcac ... actaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagataaagttggaaaattggagtgatttgtgaattgttggtttgactaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAGGAGAAGAATGGAGTGAAGCTACCAAGTTACAAAGGAGACAATATAAATG
                                            gactaat  putative branch site (score: 2)
                                             actaattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtttgattattttaggaatggtttcaaaattattgtctttttctgagataaagttggaaaattggagtgatttgtgaattgttggtttgactaatttagGTGGGAAGAATGGCGGGTCAATTTGCAAAGCCTAGGTCCGATCCATTTGAGGAGAAGAATGGAGTGAAGCTACCAAGTTACAAAGGAGACAATATAAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - aaaatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttggt