Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...aataagtggctaattatcatggtttgatgtgcctataattttattatcaacaagcttacattaactgtattttgtaatagggtttttaagtttcctgcagGTGCTTCAGTATCTGTTACATGCCATGCCAGTGGGAAGAAAAGGAGATCAACTTTGGCACAAGGAGTCACAGATGAAAATGGAGATTTCATCATTGATCT
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atcaacaagcttacattaactgtattttgtaatagggtttttaagtttcctgcagGTGCTTCAGTATCTGTTACATGCCATGCCAGTGGGAAGAAAAGGAGATCAACTTTGGCACAAGGAGTCACAGATGAAAATGGAGATTTCATCATTGATCT
cattaac putative branch site (score: 2)
tttcctgc putative PPT
attaactgtatttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
aataagtggctaattatcatggtttgatgtgcctataattttattatcaacaagcttacattaactgtattttgtaatagggtttttaagtttcctgcagGTGCTTCAGTATCTGTTACATGCCATGCCAGTGGGAAGAAAAGGAGATCAACTTTGGCACAAGGAGTCACAGATGAAAATGGAGATTTCATCATTGATCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - -catggtt
- - - - - - - - - - - - - - -tgcctat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattaac