1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
gtatgagttttgggaccttcctgtgatcgcttattcttttttataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAAGGAGATGGGGATGATGCAACTGCAGCTTAACAAATACAAAGATGCTGC
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ11831 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTG GAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAEST: gi|169106191|gb|FE507957.1|FE507957
genomic: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTGgtatgagttt ... ataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
EST: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTG GAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAEST: gi|169041179|gb|FE447723.1|FE447723
genomic: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTGgtatgagttt ... ataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
EST: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTG GAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAEST: gi|169031780|gb|FE440610.1|FE440610
genomic: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTGgtatgagttt ... ataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
EST: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTG GAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAEST: gi|169030309|gb|FE440034.1|FE440034
genomic: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTGgtatgagttt ... ataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
EST: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTG GAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAEST: gi|169067313|gb|FE473898.1|FE473898
genomic: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTGgtatgagttt ... ataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
EST: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTG GAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
genomic: CGATAGAGATGATTTACAGCTAAGAGTCGAAGAATTAAATCAGCTTTCTGgtatgagttt ... ataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACA
gtatgagttttgggaccttcctgtgatcgcttattcttttttataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAAGGAGATGGGGATGATGCAACTGCAGCTTAACAAATACAAAGATGCTGC
ttataac putative branch site (score: 17)
cttattcttttttat CT-rich tract
ttattcttttttataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgagttttgggaccttcctgtgatcgcttattcttttttataacctcagGAAGAAAGGACACTGTTGCGGAGCTCAAGCTAATGATAAGTACACTTCACAAGGAGATGGGGATGATGCAACTGCAGCTTAACAAATACAAAGATGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC