Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ05985
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G012942_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
-----------------------------------gtaagatgcaacgttaggaccaccat-tttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                       |||||| | || |    | ||| ||||| || |   |  || |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | || || |||||||| |||||  | |||
gtaggtggtgaattccagtttacacatttccatattgctgatgcatcctttga--tatcatgtttccttgagcactacagATTGCACCAATTATTCATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTATTGTGTATGGATGGCAACAAGTACGTGCAAGAG

upper sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
-----------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggac---caccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                                                  | |  |    | |||   |   || || ||||    |   |   || | || ||  |||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || || |||||||||||| ||||||||
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaatacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttcatatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG

upper sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G052880_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
---------------------------------------------------gtaa--gatgcaa---cgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                                   ||||  | ||  |     ||   ||| |  | || | | |||  || || |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||  | || || |||||||| || ||| |||||
gtatatgttgaacatatatgtgatttaaccattatttttcttctacattgagtaaatggtgttaatctttttataccgctttgtttctttggtacttcagATTGCACCAATTATTCATGAATGGACTTATGATGCTATGTGTCATGATCTGCTTTGTATGGATGGCAACAAGTATGTTCATGAG

upper sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
----------------------------------------gtaagatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                         ||     |    ||  ||  ||  | ||  ||  |      || |||| ||  | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  |    || || ||  | |||||  |  |||||
gttaaaaatgtctcttcactatgaatatgaatgtctccttttatagctctcaattttgatgactgtattgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
---------------------------------------gta-agatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                        || || |   || ||  ||  ||  | ||  ||  |      || |||| ||  | || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  |    || || ||  | |||||  |  |||||
gttgttaaaaatgtctcttcactatatgaatgtctccttttatagctctcaccttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: EFJ05985 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G12360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
----------------------------------------------------------------------------------------------------gtaagatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                                                                                        | |  |   |||| | ||     ||   | |   || ||| |||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||   ||| ||||| |||||||| ||  ||| |
gtttataacatttgtttacatttgatgcgcctaatatttgtttcgtttattaatcgcaattgcatacatctacttatggagctcatgcttcctcctctacaagtgttatatgattagcagcatttgcttgttttgaatgtctagATTGCCCCTGTTATACATGAGTGGACATATGATGCTATGTGCCATGATTTACTGAACATGGAAGGAAACAAATATGTACATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagatgcaacgttaggaccaccattttccatgggtcgtttagGTTGCGCCATTTATACATGAGTGGACGTATGATGCTATGTGCCATGATCTTCTAGGCATCGAAGGCAACAAATACGTTTATGAG
                                                        atttt  TA-rich tract