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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtatattgttattgttttgtctactactcactcatgccattgcagATTGTGGATGAAGGCCACCGTTTGAAGAGCAAAGAGTCGAAGTTATTTCAAACGCTGCAAAATTACACGACATATCATCGAGTTCTTTTAACTGGCACAC

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ15143
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ15143 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os06g08480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
-----------------------------------------------------------gtgagtatattgttattgttttgtctactactcactcatgcc--attgcagATTGTGGATGAAGGCCACCGTTTGAAGAGCAAAGAGTCGAAGTTATTTCAAACGCTGCAAAATTACACGACATATCATCGAGTTCTTTTAACTGGCACAC
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gtacttcttttgccatctccctttctatacgcttcaattctctggagaatgtttaaattgctcttaagttctgattgacttttct-ccaattggtaatgctttattgcagATTGTGGATGAGGGGCATCGTTTGAAGAACAAAGATTCCAAGTTGTTCGGTCAACTTAAAGAGTATCATACTAAGCATCGTGTTCTCTTAACGGGAACCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgagtatattgttattgttttgtctactactcactcatgccattgcagATTGTGGATGAAGGCCACCGTTTGAAGAGCAAAGAGTCGAAGTTATTTCAAACGCTGCAAAATTACACGACATATCATCGAGTTCTTTTAACTGGCACAC
                                  tactcac  putative branch site (score: 1)
                 tatattgttattgttt  TA-rich tract