Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagattgtctaatgattagctttcaaaacattcgattattgatgcagAAACAAAATCTTCAAGTTCACAGACTTTGGGTGGCAAATGCAACTACGCTACTATTGGGATGACATTTTGGACGATTGCATTGTGCGCCAGACGAATGCT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ29406
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ29406 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 7
lower sequence: PP1S42_115V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
----------------------------------------------gtaagattgtctaatgattagctttcaa-----aacattcgattattgatgcagAAACAAAATCTTCAAGTTCACAGACTTTGGGTGGCAAATGCAACTACGCTACTATTGGGATGACATTTTGGACGATTGCATTGTGCGCCAGACGAATGCT
                                               | |   | |  ||  |   | || |||     ||     || | |   || || || || |  || ||    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||     |||| |||||  | ||| | || || ||||| 
aatagctacattcctattaaataaatttcttcaaatacaagtgaaaatcaagctatacaacaagatgtttacaatgatgaatgaatgaatttgtgtgtagCAATAAGACATTTAAAGGGACAGAATTTGGGTGGCAAATGCAATTGCGCTACTATTGGGATGATGAGGTGGAGGATTGTGTGGTGAGGCAAACAAATGCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagattgtctaatgattagctttcaaaacattcgattattgatgcagAAACAAAATCTTCAAGTTCACAGACTTTGGGTGGCAAATGCAACTACGCTACTATTGGGATGACATTTTGGACGATTGCATTGTGCGCCAGACGAATGCT
                                            tattgat  putative branch site (score: 3)
                       taatgatta  TA-rich tract