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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtggatcttggccgctttcttttcgtgctcacaagtttctctctaacagGGTGATCCCGATGGTGAAACCAATCCCATGTCCATTTGGCGACCGGCCTGTCTGTCCGG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ17193
intron # 64
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169109922|gb|FE511070.1|FE511070
EST:     CAAGAGCCGGGAGGTTCATCAGCGATTTTGATCTCATATGGTCGAACCAG                         GGTGATCCCGATGGTGAAACCAATCCCATGTCCATTTGGCGACCGGCCTGT
genomic: CAAGAGCCGGGAGGTTCATCAGCGATTTTGATCTCATATGGTCGAACCAGgtacgtggat ... tctctaacagGGTGATCCCGATGGTGAAACCAATCCCATGTCCATTTGGCGACCGGCCTGT




















RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 29 (upstream exon), 29 (downstream exon)
Score: 4

TGCCACGGACAAAGTTTTGAGCATCGACGAAGGCTCGTCCACTGGTTCTCCAAGAGCCGGGAGGTTCATCAGCGATTTTGATCTCATATGGTCGAACCAGgtacgtggat ... tctctaacagGGTGATCCCGATGGTGAAACCAATCCCATGTCCATTTGGCGACCGGCCTGTCTGTCCGG




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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtacgtggatcttggccgctttcttttcgtgctcacaagtttctctctaacagGGTGATCCCGATGGTGAAACCAATCCCATGTCCATTTGGCGACCGGCCTGTCTGTCCGG
                               tgctcac  putative branch site (score: 4)
                                         tttctctct  putative PPT
                     tttctttt  TA-rich tract