1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagctctagaaaaaaaaagcccgaatgaactaatcaaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTCTTCCCTG
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ23759 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATG-TTGGATGCGGGACGG GT-GTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTEST: gi|169061674|gb|FE469864.1|FE469864
genomic: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGGgtaagctcta ... aaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTT
EST: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGG GTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTEST: gi|169035919|gb|FE442387.1|FE442387
genomic: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGGgtaagctcta ... aaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTT
EST: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGGGACGG GTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTEST: gi|169080814|gb|FE486646.1|FE486646
genomic: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGGgtaagctcta ... aaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTT
EST: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGGGACGG GTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTEST: gi|169061675|gb|FE469865.1|FE469865
genomic: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGGgtaagctcta ... aaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTT
EST: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGG GTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTT
genomic: AGCCAGAAGTGTTATGTTGGTGATCACGTCGATGTTTGGATGCGAGACGGgtaagctcta ... aaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTT
gtaagctctagaaaaaaaaagcccgaatgaactaatcaaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTCTTCCCTG
aactaat putative branch site (score: 40)
tctagaaaaaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctctagaaaaaaaaagcccgaatgaactaatcaaagctgcagGTGGTGGGAAGGGGTTGTTCAATCGGTGGACGAGAGCCTTGTCACAGTTTTCTTCCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA