1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagtagcggaaactaatcatataactctccctccaggaatgctggagctttgatcgaatcaagcaactcaaaatctaaatttttcttgcagGAAAAAGGACGAAACCGCCGGAGAACTGCCCGTAGCATTCGTGGTGATTGCAAATGGCTTTAAAGTATCGGAAGAGGAGCTCAAGCTGTTCGTATCACAA
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ20030 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gaatgctggagctttgatcgaatcaagcaactcaaaatctaaatttttcttgcagGAAAAAGGACGAAACCGCCGGAGAACTGCCCGTAGCATTCGTGGTGATTGCAAATGGCTTTAAAGTATCGGAAGAGGAGCTCAAGCTGTTCGTATCACAA
atctaaa putative branch site (score: 12)
tttttcttgc CT-rich tract
aaaatctaaatttttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtagcggaaactaatcatataactctccctccaggaatgctggagctttgatcgaatcaagcaactcaaaatctaaatttttcttgcagGAAAAAGGACGAAACCGCCGGAGAACTGCCCGTAGCATTCGTGGTGATTGCAAATGGCTTTAAAGTATCGGAAGAGGAGCTCAAGCTGTTCGTATCACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT