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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatacattgctcaggcatgtataaattacaaagaagtggagtgctaactcgatattcacagGTCTTGGAAGGACTGGCATATCTTCATGAACAAGGTGTTATTCACAGAGACATTAAGGGGGCTAACATCCTCACGACGAAAGAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ18166
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ18166 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S99_12V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--------------------------------------gtatacattgctcaggcatgtataaattacaaagaagtg---gagtgctaactcgatattcacagGTCTTGGAAGGACTGGCATATCTTCATGAACAAGGTGTTATTCACAGAGACATTAAGGGGGCTAACATCCTCACGACGAAAGAG
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gtcattttgtcctatccgtgtttaatcctcacggttgaatctcctttgctt-ggtaaacagcaattcctaggattggcctaagcagtattgtgcgat--gcagGTCCTGGAAGGACTAGTATATCTTCACGAACAAGGTGTCATTCACCGTGATATTAAGGGCGCTAACATTCTTACGACCAAAGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctcaggcatgtataaattacaaagaagtggagtgctaactcgatattcacagGTCTTGGAAGGACTGGCATATCTTCATGAACAAGGTGTTATTCACAGAGACATTAAGGGGGCTAACATCCTCACGACGAAAGAG
                                   tgctaac  putative branch site (score: 1)
          atgtataaattacaaa  TA-rich tract