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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgcacatgcgtcctacgtgctgtactaacattattattttgtcctagACATTTCAACTTAAAAAGCTTGCTCACGGCGTAAGAGAAGCAACCTTGCATAGTCTGATTACAGAACTTCTTCTGTGGTTACTGGATGAAAGAGTTCCAT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ11209
intron # 41
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169100104|gb|FE501863.1|FE501863
EST:     GTGGTGCCTCCTCAAGGTCTTGCAAATACGTGTTAAACACGCTAATGCAG                         ACATTTCAACTTAAAAAGCTTGCTCACGGCGTAAGAGAAGCAACCTTGCAT
genomic: GTGGTGCCTCCTCAAGGTCTTGCAAATACGTGTTAAACACGCTAATGCAGgtatgttgca ... tttgtcctagACATTTCAACTTAAAAAGCTTGCTCACGGCGTAAGAGAAGCAACCTTGCAT
EST: gi|169062797|gb|FE472846.1|FE472846
EST:     CGCTAATGCAG                         ACATTTCAACTTAAAAAGCTTGCTCACGGCGTAAGAGAAGCAACCTTGCAT
genomic: CGCTAATGCAGgtatgttgca ... tttgtcctagACATTTCAACTTAAAAAGCTTGCTCACGGCGTAAGAGAAGCAACCTTGCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgttgcacatgcgtcctacgtgctgtactaacattattattttgtcctagACATTTCAACTTAAAAAGCTTGCTCACGGCGTAAGAGAAGCAACCTTGCATAGTCTGATTACAGAACTTCTTCTGTGGTTACTGGATGAAAGAGTTCCAT
                              tactaac  putative branch site (score: 0)
                                            ttttgtcct  putative PPT
                              tactaacattattatt  TA-rich tract