Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagacacgatgaacttatctcctcgatcgaaactcattccatcttgtcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTACCTTGGGCTACGCTCAAGCGGCCAAAGACAAGCGTGTCATCTCATGCATT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ09318
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169029290|gb|FE439743.1|FE439743
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169072664|gb|FE481304.1|FE481304
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169095246|gb|FE496689.1|FE496689
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169023540|gb|FE430528.1|FE430528
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGCTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169077353|gb|FE485655.1|FE485655
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169095287|gb|FE499382.1|FE499382
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169082618|gb|FE489089.1|FE489089
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGCTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169095247|gb|FE496690.1|FE496690
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169020403|gb|FE431650.1|FE431650
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGCTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169077080|gb|FE484459.1|FE484459
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169067616|gb|FE475306.1|FE475306
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGCTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
EST: gi|169057244|gb|FE464196.1|FE464196
EST:     GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGCTTAAGCTCCCTGATGGATGCGG                         CTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC
genomic: GGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 30 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 12

GAGATGTTGTCCAAGGACAGTGCAGTGATTGCTGAGACTGGTGATTCTTGGTTCAATTGCCAGAAGTTTAAGCTCCCTGATGGATGCGGgtaagacacg ... tcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTACCTTGGGCTACGCTCAAGCGGCCAAAGACAAGCGTGTCATCTCATGCATT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agacacgatgaacttatctcctcgatcgaaactcattccatcttgtcgaaaaaagCTTTGAGTTCCAGATGCAATATGGATCAATTGGATGGTCAGTTGGAGCTACCTTGGGCTACGCTCAAGCGGCCAAAGACAAGCGTGTCATCTCATGCATT
                                        tcttgtc  CT-rich tract
                                                aaaaaa  TA-rich tract