1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgccttgggaaacttgacacgttcattgacacctgttttcttttcagTTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATTTACTACTTGCGTGAGATCAGAGAGGCTGATTCCCTGATTGAAGCCATCA
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ06061 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGAAACTCTTTTAAATATGATGTGCTTGTTGCTGCTACGGGATCAACG TTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATTEST: gi|169098862|gb|FE502259.1|FE502259
genomic: CTGGAAACTCTTTTAAATATGATGTGCTTGTTGCTGCTACGGGATCAACGgtatgccttg ... ttcttttcagTTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATT
EST: CTGGAAACTCTTTTAAATATGATGTGCTTGTTGCTGCTACGGGATCAACG TTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATT
genomic: CTGGAAACTCTTTTAAATATGATGTGCTTGTTGCTGCTACGGGATCAACGgtatgccttg ... ttcttttcagTTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATT
gtatgccttgggaaacttgacacgttcattgacacctgttttcttttcagTTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATTTACTACTTGCGTGAGATCAGAGAGGCTGATTCCCTGATTGAAGCCATCA
cattgac putative branch site (score: 16)
cacctgttttcttttc CT-rich tract
ttttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgccttgggaaacttgacacgttcattgacacctgttttcttttcagTTCATTAAGCTGTCAGACTTTGGTGTTGCTGGAGCCGATTCTAAAGGAATTTACTACTTGCGTGAGATCAGAGAGGCTGATTCCCTGATTGAAGCCATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC