Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcggataatttcctgccgtttatccatctcatgtttgtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCGCGGCACCAAGACTGTTGAATTGATCAAGGTAGCAGGGTTTCCTTCCTCG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ05611
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169022251|gb|FE431210.1|FE431210
EST:     AAGCTTTTGGTGGTGACGTACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGA                         GCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
genomic: AAGCTTTTGGTGGTGACATACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
EST: gi|169048326|gb|FE457314.1|FE457314
EST:     CCAGCTCCGGCCTACGA                         GCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
genomic: CCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
EST: gi|169046492|gb|FE457444.1|FE457444
EST:     AAGCTTTTGGTGGTGACGTACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGA                         GCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
genomic: AAGCTTTTGGTGGTGACATACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
EST: gi|169065232|gb|FE474056.1|FE474056
EST:     AAGCTTTTGGTGGTGACGTACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGA                         GCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
genomic: AAGCTTTTGGTGGTGACATACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
EST: gi|169019703|gb|FE428013.1|FE428013
EST:     AAGCTTTTGGTGGTGACGTACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGA                         GCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
genomic: AAGCTTTTGGTGGTGACATACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
EST: gi|169103053|gb|FE504755.1|FE504755
EST:     CTTTTGGTGGTGACGTACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGA                         GCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG
genomic: CTTTTGGTGGTGACATACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 133

ATGTCTTTAAGAAGGCGTACTCCGACCTGGCACCGAGCTTTGGCGATCTTAAGCTTTTGGTGGTGACATACTTTGCGGATCTTCCAGCTCCGGCCTACGAgtaagcggat ... gtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCGCGGCACCAAGACTGTTGAATTGATCAAGGTAGCAGGGTTTCCTTCCTCG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagcggataatttcctgccgtttatccatctcatgtttgtatatgcagGCTGCTCACTGGACTTGAATGTGTGGATGGTGTGGGACTTGACTTGGTTCGCGGCACCAAGACTGTTGAATTGATCAAGGTAGCAGGGTTTCCTTCCTCG
                                                   tttgtatat  TA-rich tract