Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagaggcaagcccatagtcttctgctagatgtattattaactcattgtttcttttgcagATTGCGGGTCCGAATAAGGCTCTGCAATCGGTTGCTGCTTTGACAACTGAACGGGACGGCGATTTGCGTAAGGCTGCACTGCAAACACTTGCGACTGTCT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ11209
intron # 36
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169023900|gb|FE436425.1|FE436425
EST:     CTAGAATCGAAAGTGTCGATCACATTGGTTTTATGGTTGATCGCTATGGC                         G
genomic: CTAGAATCGAAAGTGTCGATCACATTGGTTTTATGGTTGATCGCTATGGCgtagaggcaa ... tcttttgcag-
EST: gi|169023900|gb|FE436425.1|FE436425
EST:     CTAGAATCGAAAGTGTCGATCACATTGGTTTTATGGTTGATCGCTATGGC                         G
genomic: CTAGAATCGAAAGTGTCGATCACATTGGTTTTATGGTTGATCGCTATGGCgtagaggcaa ... tcttttgcag-
EST: gi|169023900|gb|FE436425.1|FE436425
EST:     CTAGAATCGAAAGTGTCGATCACATTGGTTTTATGGTTGATCGCTATGGC                         G
genomic: CTAGAATCGAAAGTGTCGATCACATTGGTTTTATGGTTGATCGCTATGGCgtagaggcaa ... tcttttgcag-


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggcaagcccatagtcttctgctagatgtattattaactcattgtttcttttgcagATTGCGGGTCCGAATAAGGCTCTGCAATCGGTTGCTGCTTTGACAACTGAACGGGACGGCGATTTGCGTAAGGCTGCACTGCAAACACTTGCGACTGTCT
                              tattaac  putative branch site (score: 1)
                                    ctcattgtttctttt  CT-rich tract
                     tagatgtattattaa  TA-rich tract