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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtctttaatgtttctttacagcgtttatttatttcgttttttttgcagCTGATGACAGGCTCCGTCAGCAAGCCATGGGTCTCGCTTTAAAGTGTCTTTCTTTTGACTTTGTAGGGACATCGCAAGATGAAAGCTCTGAGGAGCTTGG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ37744
intron # 3
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgtctttaatgtttctttacagcgtttatttatttcgttttttttgcagCTGATGACAGGCTCCGTCAGCAAGCCATGGGTCTCGCTTTAAAGTGTCTTTCTTTTGACTTTGTAGGGACATCGCAAGATGAAAGCTCTGAGGAGCTTGG
         ctttaat  putative branch site (score: 4)
                              tttatttatttcgttt  putative PPT
                              tttatttatttcgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtctttaatgtttctttacagcgtttatttatttcgttttttttgcagCTGATGACAGGCTCCGTCAGCAAGCCATGGGTCTCGCTTTAAAGTGTCTTTCTTTTGACTTTGTAGGGACATCGCAAGATGAAAGCTCTGAGGAGCTTGG

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