1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gtttatctgattctatttcttgtcctggtcaggagaattttgtatcgctgctttggttcttcccatcgcttttgctgatgctcgctcgtttcaatcgcagGAAGTTACTTCGTGTTGTCGGTCATGGACAAGTACTTCCGCAAGGGGATGTCGGTGGAAGAAGGGATGGCTCTCGCTGACAAGTGCATCGCAGAGATCCG
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ37543 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cgctgctttggttcttcccatcgcttttgctgatgctcgctcgtttcaatcgcagGAAGTTACTTCGTGTTGTCGGTCATGGACAAGTACTTCCGCAAGGGGATGTCGGTGGAAGAAGGGATGGCTCTCGCTGACAAGTGCATCGCAGAGATCCG
tgctgat putative branch site (score: 23)
ctcgtttc putative PPT
tttcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttatctgattctatttcttgtcctggtcaggagaattttgtatcgctgctttggttcttcccatcgcttttgctgatgctcgctcgtttcaatcgcagGAAGTTACTTCGTGTTGTCGGTCATGGACAAGTACTTCCGCAAGGGGATGTCGGTGGAAGAAGGGATGGCTCTCGCTGACAAGTGCATCGCAGAGATCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
-tttatct
- - - - - - - atttctt
- - - - - - - - - - - -cctggtc
- - - - - - - - - - - - - - - aggagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctcgtt