1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgttttgttttcttgatacttgctggtgtttccattagtgatcttacttgtagacaagctttttcaatttgttcatcaacttttcgctgtgctttttcagGTGGAACCCAAGAATTTTTCTTTGCTCTCGAACTGGCGACGCGATAACACCATGGAGGACATACTGAAGCAGCTCAAGCGTGAGATGGGAGCTTCTCACA
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ33318 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
acttgtagacaagctttttcaatttgttcatcaacttttcgctgtgctttttcagGTGGAACCCAAGAATTTTTCTTTGCTCTCGAACTGGCGACGCGATAACACCATGGAGGACATACTGAAGCAGCTCAAGCGTGAGATGGGAGCTTCTCACA
atcttac putative branch site (score: 18)
tgctttttc putative PPT
tttttcaatttgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttttgttttcttgatacttgctggtgtttccattagtgatcttacttgtagacaagctttttcaatttgttcatcaacttttcgctgtgctttttcagGTGGAACCCAAGAATTTTTCTTTGCTCTCGAACTGGCGACGCGATAACACCATGGAGGACATACTGAAGCAGCTCAAGCGTGAGATGGGAGCTTCTCACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
tgttttg
- - - -ttttctt
- - - - - - - - tacttgc
- - - - - - - - - - - - - - tttccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcttact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgttc