1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttgaacaattttgcttgatccttcaaacatcatataacattgcagcacttgcaataagattctcaaaggctgaagtgtcgttaagtaaaactccattgagGAATTGCACAACGACACATCTGCGCATCGGATCTCGGCCTCTCGGCCAAGTGAAGAAGAGGTTTGCTTGCAGAAAGAAGCCATCTGCTGTTCAAACGCAC
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ26281 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cacttgcaataagattctcaaaggctgaagtgtcgttaagtaaaactccattgagGAATTGCACAACGACACATCTGCGCATCGGATCTCGGCCTCTCGGCCAAGTGAAGAAGAGGTTTGCTTGCAGAAAGAAGCCATCTGCTGTTCAAACGCAC
ctccatt CT-rich tract
ttaagtaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgaacaattttgcttgatccttcaaacatcatataacattgcagcacttgcaataagattctcaaaggctgaagtgtcgttaagtaaaactccattgagGAATTGCACAACGACACATCTGCGCATCGGATCTCGGCCTCTCGGCCAAGTGAAGAAGAGGTTTGCTTGCAGAAAGAAGCCATCTGCTGTTCAAACGCAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - -tttgctt
- - - - - - - - -atccttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caataaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtcgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagtaaa