Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttggtattcttgttttatgcgtagttttgttcttatacaagtctgcagGGATGCTATGTATGCATCGTCACAGGATACTGTGAGGGAGGGGACAT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ20817
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ20817 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S22_216V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
------------------------------------------gtttggtattcttgt---tttatgcgtagtt--ttgttcttatacaagtct------gcagGGATGCTATGTATGCATCGTCACAGGATACTGTGAGGGAGGGGACAT
                                            |   ||  |||||   |  | |   |||   |   | ||| |   || |       ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||
gtatgagcttgtacagggtgaataaatccagtaatggtactgtctctataaacttgtgagtggaagaacagtgcataacttttacatgtgttttttgcaacagGGATGCTATGTATGCATCGTTACAGGTTACTGTGAAGGTGGTGACAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttggtattcttgttttatgcgtagttttgttcttatacaagtctgcagGGATGCTATGTATGCATCGTCACAGGATACTGTGAGGGAGGGGACAT
                    tattcttgttttat  TA-rich tract