1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagctgtttcattggcattgctttccaagttccaactctcggaacttttgactgctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATCCTGCTGTTCAAGGTGGTGACGTGATCTTACGTATGATGGCCCGGAACT
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ19987 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169115717|gb|FE517303.1|FE517303
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169082589|gb|FE489073.1|FE489073
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169108620|gb|FE510796.1|FE510796
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169094535|gb|FE492433.1|FE492433
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169044095|gb|FE452097.1|FE452097
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169056847|gb|FE465424.1|FE465424
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169018982|gb|FE427375.1|FE427375
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169098458|gb|FE498514.1|FE498514
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169100255|gb|FE502950.1|FE502950
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169074213|gb|FE482419.1|FE482419
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169101335|gb|FE501997.1|FE501997
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169044600|gb|FE451146.1|FE451146
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169020910|gb|FE431988.1|FE431988
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGTTEST: gi|169074212|gb|FE482418.1|FE482418
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169023479|gb|FE430077.1|FE430077
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169018981|gb|FE427374.1|FE427374
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: ATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTGTGATAGATEST: gi|169048291|gb|FE456265.1|FE456265
genomic: ATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATEST: gi|169092755|gb|FE493697.1|FE493697
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
cattggcattgctttccaagttccaactctcggaacttttgactgctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATCCTGCTGTTCAAGGTGGTGACGTGATCTTACGTATGATGGCCCGGAACT
ttttgac putative branch site (score: 13)
ctgcttt CT-rich tract
aactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctgtttcattggcattgctttccaagttccaactctcggaacttttgactgctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATCCTGCTGTTCAAGGTGGTGACGTGATCTTACGTATGATGGCCCGGAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT