1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttggaggcgagcaaaggcaggtgatagtagaaagcttcgtccaatgattgtgctactgcaccagagagcgactcttacgttctgtgaccaactgctgaagGAATCTGAGACGAGGCACTTCACAGGCCCGGCCCGGGCTGCAAATCGTCCAAAGAGGATGCTATGTGATGGATCCATTGTCAGAACCGGAAGTGTGCGTC
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ17199 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gattgtgctactgcaccagagagcgactcttacgttctgtgaccaactgctgaagGAATCTGAGACGAGGCACTTCACAGGCCCGGCCCGGGCTGCAAATCGTCCAAAGAGGATGCTATGTGATGGATCCATTGTCAGAACCGGAAGTGTGCGTC
ctcttac putative branch site (score: 3)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggaggcgagcaaaggcaggtgatagtagaaagcttcgtccaatgattgtgctactgcaccagagagcgactcttacgttctgtgaccaactgctgaagGAATCTGAGACGAGGCACTTCACAGGCCCGGCCCGGGCTGCAAATCGTCCAAAGAGGATGCTATGTGATGGATCCATTGTCAGAACCGGAAGTGTGCGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - -cgagcaa
- - - - - - - - - - - - -agtagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcgtcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agagagcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttctgt