1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagttctcgatttcttttcctctcttacccgactgacttgcttgtttcgcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAGCAAGGGCCGATTCACCTTGCACTCGATCAACTCCGAGGAGGCCAAG
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ14824 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169073370|gb|FE481121.1|FE481121
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169053556|gb|FE463325.1|FE463325
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169073371|gb|FE481122.1|FE481122
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169100977|gb|FE500604.1|FE500604
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169057772|gb|FE465266.1|FE465266
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAATGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169114018|gb|FE516489.1|FE516489
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAATGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169053555|gb|FE463324.1|FE463324
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169054328|gb|FE460773.1|FE460773
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAATGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169074638|gb|FE481193.1|FE481193
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169042741|gb|FE451560.1|FE451560
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169053335|gb|FE460426.1|FE460426
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAATGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169041716|gb|FE449287.1|FE449287
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169097355|gb|FE498486.1|FE498486
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169074639|gb|FE481194.1|FE481194
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAEST: gi|169041419|gb|FE448977.1|FE448977
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
EST: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAATGCTATCCCGCTGGATTCATGG ATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
genomic: GATTGATGGCAAGGTCCGGACGGACAAGTGCTATCCCGCTGGATTCATGGgtaagttctc ... gcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACA
ttctcgatttcttttcctctcttacccgactgacttgcttgtttcgcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAGCAAGGGCCGATTCACCTTGCACTCGATCAACTCCGAGGAGGCCAAG
gactgac putative branch site (score: 22)
cttgtttcgcttttct putative PPT
atttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttctcgatttcttttcctctcttacccgactgacttgcttgtttcgcttttctagATGTGTTGACGGTCGGCAAGGTGGATGAGAACTACCGTCTCCTCTATGACAGCAAGGGCCGATTCACCTTGCACTCGATCAACTCCGAGGAGGCCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG