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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccggtttcctgcatggttgaacttaaactaagggggatggttgtgcagGTTTTGAAGAAAGACTACATTGCAGCCGGTTTGTGCTGCATCCAGCTCTTTTTAAACTCTGCAACACAAGACCAAGCTCTTCGAAATCTTGAGCGTGCTA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ18188
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ18188 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 28
lower sequence: PP1S109_57V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 31
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaccggtttcctgcatggttgaact---taaactaagggggatggttgtgcagGTTTTGAAGAAAGACTACATTGCAGCCGGTTTGTGCTGCATCCAGCTCTTTTTAAACTCTGCAACACAAGACCAAGCTCTTCGAAATCTTGAGCGTGCTA
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gtgatcttaaaactcgttcgctctttccactgatgatgcatcatggcagcgaagttgatgttatcttctacctaatctaaatttaggcaatttcgatgaatgtctcttattagcatttctaaccacattatttaaagatgtgctttataagctaactgttgta-ttgtgcagGTTCTGAAAAAAGACTACGTGGCTGCTGGGTTGTGCTGTATCCAGCTCTTTTTGAACTCACCCAATCAAGAACAAGCCTTGCGTCATTTAGAACACGCAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaccggtttcctgcatggttgaacttaaactaagggggatggttgtgcagGTTTTGAAGAAAGACTACATTGCAGCCGGTTTGTGCTGCATCCAGCTCTTTTTAAACTCTGCAACACAAGACCAAGCTCTTCGAAATCTTGAGCGTGCTA
                                    ttaaactaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaccggtttcctgcatggttgaacttaaactaagggggatggttgtgcagGTTTTGAAGAAAGACTACATTGCAGCCGGTTTGTGCTGCATCCAGCTCTTTTTAAACTCTGCAACACAAGACCAAGCTCTTCGAAATCTTGAGCGTGCTA

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