Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaaatgtaacgaaaacattgatcacattttatgttatagtttcgtcatgtagGCAGAATATTTCTCTACTGGCGAGAATCTAGAGCCTTCTCATTTCTATCATTATGGATTAGCGCTAGA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ09873
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169040119|gb|FE448093.1|FE448093
EST:     CGTGCCTTCAGAGCTCTTGTTACGCGTGCAATGTCAGAG                         GCAGAATATTTCTCTACTGGCGAGAATCTAGAGCCTTCTCATTTCTATCAT
genomic: CGTGCCTTCAGAGCTCTTGTTACGCGTGCAATGTCAGAGgtaaaaaatg ... cgtcatgtagGCAGAATATTTCTCTACTGGCGAGAATCTAGAGCCTTCTCATTTCTATCAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaaaaatgtaacgaaaacattgatcacattttatgttatagtttcgtcatgtagGCAGAATATTTCTCTACTGGCGAGAATCTAGAGCCTTCTCATTTCTATCATTATGGATTAGCGCTAGA
                                          tttcgtc  CT-rich tract
                            attttatgttatagtt  TA-rich tract