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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatcttttcattcatcgcttttctttttgaaaccatgtggattttactgcggacagGACCTTATTGGCAAGAAACTTATTTCTGCGGGACATGATATCAGCGATGGTGGAGTTATAGTTTCATTGCTAGAAATGTCTTTTGCGGGCAATTGTGGCA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ35446
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169094703|gb|FE491567.1|FE491567
EST:     GCCCGGACGTTAATGTCCAATATTTAAAACGTGCCTTCAATGCGACGCAG                         GACCTTATTGGCAAGAAACTTATTTCTGCGGGACATGATATCAGCGATGGT
genomic: GCCCGGACGTTAATGTCCAATATTTAAAACGTGCCTTCAATGCGACGCAGgtgatctttt ... ctgcggacagGACCTTATTGGCAAGAAACTTATTTCTGCGGGACATGATATCAGCGATGGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttttcattcatcgcttttctttttgaaaccatgtggattttactgcggacagGACCTTATTGGCAAGAAACTTATTTCTGCGGGACATGATATCAGCGATGGTGGAGTTATAGTTTCATTGCTAGAAATGTCTTTTGCGGGCAATTGTGGCA
                                        ttttact  CT-rich tract
                 ttttctttttgaaa  TA-rich tract