Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcaatgtcaaaacggatttaaggaatgctaaattcgtgttcgcatgtgtccaatacagGCACTAGCAGATGGAGTCATACCGAATGAATATGGTATAAACCCAAAGCACAAACTGAAAATTGGATCGAAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ19878
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ19878 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 24
lower sequence: GRMZM2G057140_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 23
-----------------------------------gtgcaatg-tcaaaacggatt-taaggaatg---ctaaattcgtgttcgcatgtgtccaatacagGCACTAGCAGATGGAGTCATACCGAATGAATATGGTATAAACCCAAAGCACAAACTGAAAATTGGATCGAAG
                                    |  |||| ||  |    ||| ||   |||    |||| ||  |  | |    | |   || |||   ||||| ||| | ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||
aattgaatcatggattgtgaattgaagcttgctcattctaatgatcttagtccattgtacccaatatatctaacttttttgttgttactctttcattcagTTGCTAGCTGATAGTGTCATTCCAAATGAATATGGAATAAATCCAAAGCAGAAACTCAAAATTGGCTCAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169019223|gb|FE428136.1|FE428136
EST:     ATGCTCATCTAANACTGGATGGTCTCGAAGACCTTTACACGGTGGCAAAG                         GCACTAGCAGATGGAGTCATACCGAATGAATATGGTATAAACCCAAAGCAC
genomic: ATGCTCATCTAAAACTGGATGGTCTCGAAGACCTTTACACGGTGGCAAAGgtgcaatgtc ... tccaatacagGCACTAGCAGATGGAGTCATACCGAATGAATATGGTATAAACCCAAAGCAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtcaaaacggatttaaggaatgctaaattcgtgttcgcatgtgtccaatacagGCACTAGCAGATGGAGTCATACCGAATGAATATGGTATAAACCCAAAGCACAAACTGAAAATTGGATCGAAG
                      tgctaaa  putative branch site (score: 2)
            atttaa  TA-rich tract