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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcttgggcatttgtgtttttgggatcaacctttggagatttatgattataggaagGTCGTCAACGAAGAAAGCTGTGCTCGAGAGTGTGCAGCAGTTTAACATTCAAGTCAACAATCTTACTCAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ13183
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ13183 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
lower sequence: PP1S274_85V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------------------------gttcttgggcatttgtgttt---ttgggatcaacctttggagatttatgattataggaagGTC-----GTCAACGAAGAAAGCTGTGCTCGAGAGTGTGCAGCAGTTTAACATTCAAGTCAACAATCTTACTCAG
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gtatcgtctcgtctctcaagtttgtgttaatgctttagtgtctgttcaacattcgtgaaatcatttgaagtcaattttctgagaatttaagtttgttatgggattgcacttttgctactgcagAGAATAAGAGCATCCACTCGGTCACAAAGAAAGAAATTCAGGAGGTTGTTGCTAGATTCAACATTCAAGTCAACAATCTTACTCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttgggcatttgtgtttttgggatcaacctttggagatttatgattataggaagGTCGTCAACGAAGAAAGCTGTGCTCGAGAGTGTGCAGCAGTTTAACATTCAAGTCAACAATCTTACTCAG
                                   agatttatgattata  TA-rich tract