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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggagtatatagacgtagttggaatttcgtaatcatgtattcacagGATCACTATGATTATGGTATGCGTGCGGTGATAGCCGTGCTCAGAGCTGCGGGTAACTTGAAAAGGAAGTACAGAGATGCGGACGAGTCCGTGCTCGTTC

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ27757
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ27757 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 19
lower sequence: PP1S9_164V6.3 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 12
--------------------------------------------------gta-aggagtatatagacgtagttggaatttcgtaatcatgtattcacagGATCACTATGATTATGGTATGCGTGCGGTGATAGCCGTGCTCAGAGCTGCGGGTAACTTGAAAAGGAAGTACAGAGATGCGGACGAGTCCGTGCTCGTTC
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ggtggagtgtttacatgtgaataattgcatgtttttctatatatatatatatatatatatgtatatatgtatactaactgcagtaattataatggtaaagGATCACTATGATTATGGCATGCGAGCGGTGATAGCTGTGCTAAGGGCAGCAGGAAATCTGAAGCGGAGGTATCGAGACGACGATGAATCTGTTTTGGTTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaggagtatatagacgtagttggaatttcgtaatcatgtattcacagGATCACTATGATTATGGTATGCGTGCGGTGATAGCCGTGCTCAGAGCTGCGGGTAACTTGAAAAGGAAGTACAGAGATGCGGACGAGTCCGTGCTCGTTC
                       agtatata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaaggagtatatagacgtagttggaatttcgtaatcatgtattcacagGATCACTATGATTATGGTATGCGTGCGGTGATAGCCGTGCTCAGAGCTGCGGGTAACTTGAAAAGGAAGTACAGAGATGCGGACGAGTCCGTGCTCGTTC

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