Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgatttgccaatgcccgtgtgcatgcttcaaactagagtgttccagGTACTGCCGTTGCAACCCGGGGCTCTTCAAATCTGCCGACACAGCTTATGTTCTGGCATATGCAGTTATTATGCTCAACACGGATGCCCATAATCCTATG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ32651
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ32651 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 18
lower sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 20
----------------------------------------------------gtacgatttgccaatgcccgtgtgcatgcttcaaactagagtgttccagGTACTGCCGTTGCAACCCGGGGCTCTTCAAATCTGCCGACACAGCTTATGTTCTGGCATATGCAGTTATTATGCTCAACACGGATGCCCATAATCCTATG
                                                     ||    | |    ||  |  || | |  ||     | |  | |  ||| |||||      ||| || |  || ||||||  ||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||| | || || ||||| |||||||| |||
ttgagtgaaaaaaggttaccttctaggtgtcatcaagatcatgtcccctttcttattgctagttggtgatctagtcctt-tttgtgttttgtctctggcagTTACTGTGCAGACAATCCAGATCTTTTCAAAAATGCAGATACTGCTTATGTTCTTGCATATGCAGTTATAATGTTGAATACTGATGCACATAATCCCATG

upper sequence: EFJ32651 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 18
lower sequence: PP1S122_29V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtacgatttgccaatg------cccgtgtgcatgcttcaaactagagtgttccagGTACTGCCGTTGCAACCCGGGGCTCTTCAAATCTGCCGACACAGCTTATGTTCTGGCATATGCAGTTATTATGCTCAACACGGATGCCCATAATCCTATG
                                                                                                                                          |||  |  ||||           | |  |   | |||   |  || |  || ||||||||| ||    ||       || ||||||  ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |
gttgaacttttaatcatgttttctcatatcgtcattgcagttggcggttaatttaggtggccgagaaattatcagaacccttaaacgctatttcaagtaccttcgagataagggcagatatcagcaatgtgtcgtgacgtaacacctgccggctatttcttctgactatgtactttggataagtg-attacagGTACTGTCGAGATAATGGTAACCTTTTCAAAAATGCAGACACAGCTTATGTGCTGGCGTATGCAGTTATTATGCTCAACACAGATGCTCATAATCCTCAG