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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgtcgatccgtcctcatgaccgaactcactctattgttcttagCTCCACTACGATCGCAAGAGAGGACGTTACTACGATTACGGCAATCATACTGAAAAA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ24054
intron # 17
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaagtgtcgatccgtcctcatgaccgaactcactctattgttcttagCTCCACTACGATCGCAAGAGAGGACGTTACTACGATTACGGCAATCATACTGAAAAA
                                  aactcac  putative branch site (score: 2)
                                             ttgttctt  putative PPT
                                           tattgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaagtgtcgatccgtcctcatgaccgaactcactctattgttcttagCTCCACTACGATCGCAAGAGAGGACGTTACTACGATTACGGCAATCATACTGAAAAA

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