Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaataatcctttttgtgtgtgtgtgtgtttgtttttgaattttcttttgtgtgtgtgtgtgtttgtttttgaattttggtttctcagGATTAACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGCACAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ09511
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169023281|gb|FE430009.1|FE430009
EST:     GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAG                         GATTGACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC
genomic: GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAGgttaataatc ... ggtttctcagGATTAACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC
EST: gi|169067629|gb|FE475826.1|FE475826
EST:     GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAG                         GATTGACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC
genomic: GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAGgttaataatc ... ggtttctcagGATTAACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC
EST: gi|169082691|gb|FE486731.1|FE486731
EST:     GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGGG                         GATTGACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCCCAATTGAGTGC
genomic: GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAGgttaataatc ... ggtttctcagGATTAACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC
EST: gi|169023280|gb|FE430008.1|FE430008
EST:     GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAG                         GATTGACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC
genomic: GATGATGTTAAATATGGTGGGATGGGTCGGCTTAAAACTAAACAGAAGAGgttaataatc ... ggtttctcagGATTAACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgaattttcttttgtgtgtgtgtgtgtttgtttttgaattttggtttctcagGATTAACGTCTTTAGCATGAAGTTGTCCCTCACGCTACCACAATTGAGTGCACAG
                                               tttctc  CT-rich tract
                             tttgtttttgaatttt  TA-rich tract