Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcaagcctttgcttttctcagtgttgaaaaagctttaaaaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCGGACGACGTCAACTTCTTGAGACGCATAATGCGCGAGTCTCTGGATGTCC

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ10924
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169079264|gb|FE490153.1|FE490153
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169023427|gb|FE431897.1|FE431897
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169094858|gb|FE491618.1|FE491618
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169052238|gb|FE463294.1|FE463294
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169093394|gb|FE492698.1|FE492698
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169098684|gb|FE498584.1|FE498584
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169088967|gb|FE492906.1|FE492906
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169042162|gb|FE454205.1|FE454205
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169021140|gb|FE431451.1|FE431451
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169106754|gb|FE504711.1|FE504711
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169088968|gb|FE492907.1|FE492907
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
EST: gi|169080477|gb|FE488454.1|FE488454
EST:     TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAG                         ACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG
genomic: TCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 4

ACGCCTATATTCGCTAGAGCACAAGACTTGGGACACTTGCTCGAGCTTAAACAAGCCGGCGCTACTGATGCTATCTTGGAAAACGCTGAGgtatgcaagc ... aaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCGGACGACGTCAACTTCTTGAGACGCATAATGCGCGAGTCTCTGGATGTCC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgcaagcctttgcttttctcagtgttgaaaaagctttaaaaaccatcagACGAGCTTGGAGCTTGGGTCTGTGCTACTCCGGGGCCTCGGAGTCATGCCGGACGACGTCAACTTCTTGAGACGCATAATGCGCGAGTCTCTGGATGTCC
                                      aaaaagctttaaaaa  TA-rich tract