Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggttgttttgggtttttggtgatcaaagctaacgggtggctgttgatgtttagATTTGCCTTTTCGCTCTTGTTTGCTGGAGTTTTAAGTTCGCAAGTTTCTGCGCGTTTTTCCTACTACTGTATGTTGGAATTATATTGTACATATTTCCAT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ35512
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169058211|gb|FE464977.1|FE464977
EST:     TTCTTGTTTTCAAAAAAGTCGCTATGTATTTTTTCGCATGTGGCTTTCCT                         ATTTGCCTTTTCGCTCTTGTTTGCTGGAGTTTTAAGTTCGCAAGTTTCTGC
genomic: TTCTTGTTTTCAAAAAAGTCGCTATGTATTTTTTCGCATGTGGCTTTCCTgtaggttgtt ... tgatgtttagATTTGCCTTTTCGCTCTTGTTTGCTGGAGTTTTAAGTTCGCAAGTTTCTGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggttgttttgggtttttggtgatcaaagctaacgggtggctgttgatgtttagATTTGCCTTTTCGCTCTTGTTTGCTGGAGTTTTAAGTTCGCAAGTTTCTGCGCGTTTTTCCTACTACTGTATGTTGGAATTATATTGTACATATTTCCAT
                                               atgttta  TA-rich tract