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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatctccaggtttttgttaagagactcctctcgagttccactgttgcagGTAATTGCCAACGACGGTGACTCCGTGAGGTGGATCACTCCTTTGGGACTTCCTGTCGTGCAACCATACCGCAGGCCCGGGAGACATGTG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ32457
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ32457 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv01s0010g00690.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
-----------------------------------------------gtatctccaggtttttgttaagagactcctct---cgagttccactgttgcagGTAATTGCCAACGACGGTGACTCCGTGAGGTGGATCACTCCTTTGGGACTTCCTGTCGTGCAACCATACCGCAGGCCCGGGAGACATGTG
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ttggtgcttaaaattcccccttattctgtatcttatttttcaaactaattctgtgacatttccgtacagtcacttccttacatgattaaaatatttgcagGTGATAGCTTCTGAGAATCATCCAGTGCGGTGGAATACTCCTTTGGGACTTCCTGTTGTGCAACCCTACCGCAAATTAGGAAGGCATCTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatctccaggtttttgttaagagactcctctcgagttccactgttgcagGTAATTGCCAACGACGGTGACTCCGTGAGGTGGATCACTCCTTTGGGACTTCCTGTCGTGCAACCATACCGCAGGCCCGGGAGACATGTG
                                             ttccact  CT-rich tract
                tttttgttaa  TA-rich tract