Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcagtcctttccttttagttgtgtgttaacatttatttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGTATTGGTGCTATTATGGGTCTTGGCCTAGCATATGCCGGCACACAAAAAG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ26022
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169030422|gb|FE438678.1|FE438678
EST:     TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCA                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
EST: gi|169097110|gb|FE498956.1|FE498956
EST:     TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCA                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
EST: gi|169059061|gb|FE468206.1|FE468206
EST:     TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCG                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
EST: gi|169019958|gb|FE431023.1|FE431023
EST:     CTTNGGCTGT-GGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCG                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: CTT-GGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
EST: gi|169064769|gb|FE473736.1|FE473736
EST:     TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCA                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
EST: gi|169028509|gb|FE439924.1|FE439924
EST:     TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCA                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
EST: gi|169097981|gb|FE498778.1|FE498778
EST:     TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCA                         GCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT
genomic: TCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 25 (upstream exon), 12 (downstream exon)
Score: 2

AATTGATAAGTATCTATACAGTACCGATAACCATGTTGTCGCGGGAGCTCTCTTGGCTGTTGGAATTATCAATTGTGGAATTCGTAATGACTGCGATCCGgtgagcagtc ... ttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGTATTGGTGCTATTATGGGTCTTGGCCTAGCATATGCCGGCACACAAAAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgagcagtcctttccttttagttgtgtgttaacatttatttgcatgcagGCGTATGCTCTTCTATATGACTCAGTAACTAAAGATGATCCTGCGGTACGTATTGGTGCTATTATGGGTCTTGGCCTAGCATATGCCGGCACACAAAAAG
                                tgttaac  putative branch site (score: 2)
                                        tttattt  CT-rich tract
                                tgttaacatttattt  TA-rich tract