Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgagtttctctttcgcagtggttttgcgtttacggtatatatttacagATTCAATCTGGTGAAACCGACGCTTGGTTGTCGTTGAGTTTGATGTTTCACCTTAGTGTTTTACCGCTTACACGGCAACTCACTAACATTAGCGGTAATT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ15342
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ15342 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 13
lower sequence: PP1S257_37V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 14
-------------------------------------------gtatgagtttctctttcgcagtggtt--ttgc--gtttac--ggtatatatttacagATTCAATCTGGTGAAACCGACGCTTGGTTGTCGTTGAGTTTGATGTTTCACCTTAGTGTTTTACCGCTTACACGGCAACTCACTAACATTAGCGGTAATT
                                            |||  |||    |    | | ||||  |||    ||| |  |||   |  |  |||||| ||||||| || || || || ||| |||| ||| |  | ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| || |||||| 
tctggttttgtgtattatgattctcgtgagagtagtttgttctatatttgttctgttgatcctgaggttagttgataatttcctgggtgattgctcgcagATTGAATCTGGAGAGACAGATGCATGGCTGTCCTTGGGACTCATGTTTCACCTTAGTGTATTGCCACTGACTCGGCAACTCACCAACATCAGTGGTAATC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgagtttctctttcgcagtggttttgcgtttacggtatatatttacagATTCAATCTGGTGAAACCGACGCTTGGTTGTCGTTGAGTTTGATGTTTCACCTTAGTGTTTTACCGCTTACACGGCAACTCACTAACATTAGCGGTAATT
                                                 tatatatttaca  TA-rich tract