Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttaccttgtctggcttctattaattcttacatttttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGAGGGATCACCTGTTGGACACTGTCTCGTTATAGCAAATGGATAGTCCAGG

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ11805
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169098376|gb|FE497730.1|FE497730
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169050437|gb|FE459570.1|FE459570
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169077651|gb|FE484913.1|FE484913
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169019859|gb|FE426946.1|FE426946
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169065009|gb|FE475081.1|FE475081
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169081293|gb|FE489283.1|FE489283
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169080569|gb|FE490522.1|FE490522
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169042559|gb|FE451014.1|FE451014
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
EST: gi|169072892|gb|FE480773.1|FE480773
EST:     GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAG                         ATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA
genomic: GAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 15

TTCGTCGGATGATAAATGGAAAGATCGCGAGGCAGCAGTTTTGGCTCTAGGAGCTGTTGCTCAAGGCTGTATAAATGGTCTCCTTCCACACCTTCCTCAGgtaacttacc ... tttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGAGGGATCACCTGTTGGACACTGTCTCGTTATAGCAAATGGATAGTCCAGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaacttaccttgtctggcttctattaattcttacatttttatattagATGATTGCATTCCTTACACCACTTCTGGAAGACAAGCATCCTTTGGTCAGAGGGATCACCTGTTGGACACTGTCTCGTTATAGCAAATGGATAGTCCAGG
                                   ttcttac  putative branch site (score: 15)
                                         cattttt  CT-rich tract
                          ttctattaattcttac  TA-rich tract