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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgttttgattaataaccgagtatgctaaagcaaatgtttgcagGTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGGTTACGAAAGAAATATGTGGATCTTTATGTTAGCGGGCTCCAGCAGGGCAAGTTTGACAAT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ31160
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169083891|gb|FE492803.1|FE492803
EST:     TGGTGGCGCTATGCTGGTCGTGCAGTAACGCAGCAGCAGAGAAAGTCAAG                         GTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGATTACGAAAGAA
genomic: TGGTGGCGCTATGCTGGTCGTGCAGTAACGCAGCAGCAGAGAAAGTCAAGgttcgttttg ... atgtttgcagGTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGGTTACGAAAGAA
EST: gi|169079244|gb|FE490133.1|FE490133
EST:     TGGTGGCGCTATGCTGGTCGTGCGGTAACGCAGCAGCAGAGAAAGTCAAG                         GTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGATTACGAAAGAA
genomic: TGGTGGCGCTATGCTGGTCGTGCAGTAACGCAGCAGCAGAGAAAGTCAAGgttcgttttg ... atgtttgcagGTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGGTTACGAAAGAA
EST: gi|169026719|gb|FE436293.1|FE436293
EST:     TGGTGGCGCTATGCTGGTCGTGCAGTAACGCAGCAGCAGAGAAAGTCAAG                         GTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGATTACGAAAGAA
genomic: TGGTGGCGCTATGCTGGTCGTGCAGTAACGCAGCAGCAGAGAAAGTCAAGgttcgttttg ... atgtttgcagGTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGGTTACGAAAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcgttttgattaataaccgagtatgctaaagcaaatgtttgcagGTGTAACTTCTCTTGGGAAAATCTGTCTCGAGCATCAGGGTTACGAAAGAAATATGTGGATCTTTATGTTAGCGGGCTCCAGCAGGGCAAGTTTGACAAT
                               ttttgattaataa  TA-rich tract