1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ccttctatgttgcttctggagctaaagagttcttgggcttcttgtgcttgttcagtagaaactttcttttcaaagctcatagttttttttttaattccagGCATTTGAATACGGTGGACGATTCAAGTATTCGAGGGAAGTGGCTTAAGTGCAAGAAGGAGCTAGCAGAAGAAGTGGACCTTGTCAAGCAGCTGGATGCC
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ36428 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gcttgttcagtagaaactttcttttcaaagctcatagttttttttttaattccagGCATTTGAATACGGTGGACGATTCAAGTATTCGAGGGAAGTGGCTTAAGTGCAAGAAGGAGCTAGCAGAAGAAGTGGACCTTGTCAAGCAGCTGGATGCC
ttttaat putative branch site (score: 15)
ttttttttttaattcc CT-rich tract
tcatagtttttttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccttctatgttgcttctggagctaaagagttcttgggcttcttgtgcttgttcagtagaaactttcttttcaaagctcatagttttttttttaattccagGCATTTGAATACGGTGGACGATTCAAGTATTCGAGGGAAGTGGCTTAAGTGCAAGAAGGAGCTAGCAGAAGAAGTGGACCTTGTCAAGCAGCTGGATGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
-cttctat
- - - - -ttgcttc
- - - - - - - - -ggagcta
- - - - - - - - - - - - - - -ttcttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agtagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttttt