Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggataaagattcttacatggtttatattgtccttgtatgatcaaaagaattctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAGGTGTTCTTCAGGGAAGAAATCCGGTAGAGCAGCGAGCTCTTGTTCGTGA

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ25335
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169068945|gb|FE476662.1|FE476662
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169077052|gb|FE485367.1|FE485367
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169101826|gb|FE500772.1|FE500772
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169046384|gb|FE457388.1|FE457388
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169101827|gb|FE500773.1|FE500773
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169068806|gb|FE478499.1|FE478499
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169068944|gb|FE476661.1|FE476661
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169046385|gb|FE457389.1|FE457389
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG
EST: gi|169107502|gb|FE511667.1|FE511667
EST:     TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAG                         GGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGGTTCGTGGATGTATCGCGAG
genomic: TGACAGAGCTTTCATGTCCCTCTTTGCCAGGAAGATGGAGAATGCCACAGgtatggataa ... tctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagattcttacatggtttatattgtccttgtatgatcaaaagaattctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAGGTGTTCTTCAGGGAAGAAATCCGGTAGAGCAGCGAGCTCTTGTTCGTGA
                                            ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                     aaaagaattctaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggataaagattcttacatggtttatattgtccttgtatgatcaaaagaattctaatgtagGGAGAGCTAGCAAAAAGACTGGATATGATGGCTTCGTGGATGTATCGCGAGGTGTTCTTCAGGGAAGAAATCCGGTAGAGCAGCGAGCTCTTGTTCGTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG