1 5' 3' |
...tactgcgcgcgtgtggaattctcgttttcgtgctcgatccggcagaggattttgcgagaaaacgctgcatggtttgttcgttattaacgtactctcgcagTTACCGGACGCGTGACCACCAAGGCCGACGTCTTTAGCTTCGGGGTGGTGCTCATGGAGCTGATAACGGGGCGGCGGGCGCTGGACGAGACGCAGGCGGA
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ23901 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aggattttgcgagaaaacgctgcatggtttgttcgttattaacgtactctcgcagTTACCGGACGCGTGACCACCAAGGCCGACGTCTTTAGCTTCGGGGTGGTGCTCATGGAGCTGATAACGGGGCGGCGGGCGCTGGACGAGACGCAGGCGGA
tattaac putative branch site (score: 4)
tactctc CT-rich tract
ttattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tactgcgcgcgtgtggaattctcgttttcgtgctcgatccggcagaggattttgcgagaaaacgctgcatggtttgttcgttattaacgtactctcgcagTTACCGGACGCGTGACCACCAAGGCCGACGTCTTTAGCTTCGGGGTGGTGCTCATGGAGCTGATAACGGGGCGGCGGGCGCTGGACGAGACGCAGGCGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- -tgcgcgc
- - - - - - - - aattctc
- - - - - - - - - - - - ttttcgt
- - - - - - - - - - - - - - - -gctcgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcagagga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgcatg