1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gataggtcttcatgacagatatttggtcgttccacgttattttttctgcgaagtcgtgccacattctagtgtgatctctaagaattctttttctttatagGATGGAGCGAAGAAAGAACCTTATGACACTGGGGATGCTGCGCAAAGCACTGCAGATCTGACCGCCTTT
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ23689 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctgcgaagtcgtgccacattctagtgtgatctctaagaattctttttctttatagGATGGAGCGAAGAAAGAACCTTATGACACTGGGGATGCTGCGCAAAGCACTGCAGATCTGACCGCCTTT
ttctttttctttat CT-rich tract
taagaattctttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gataggtcttcatgacagatatttggtcgttccacgttattttttctgcgaagtcgtgccacattctagtgtgatctctaagaattctttttctttatagGATGGAGCGAAGAAAGAACCTTATGACACTGGGGATGCTGCGCAAAGCACTGCAGATCTGACCGCCTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - tcttcat
- - - - - - - - - - -tttggtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttctagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attcttt