Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tacgtttgtcacggtcctcaacgcttgcgagaagccgtcaagcctggcctttgggaagaaaatccacgctttggctgtggaagctggatacgagccggagCTGATCGTCGGAAACGCTACCGTCAACATGTATGGGAAGTGTGGGAGCCTCGAAGATGCATACGCAGTGTTTGACAGGATGCCGGCTCGAGATGTCATCA
Basic information
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ22583 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ggcctttgggaagaaaatccacgctttggctgtggaagctggatacgagccggagCTGATCGTCGGAAACGCTACCGTCAACATGTATGGGAAGTGTGGGAGCCTCGAAGATGCATACGCAGTGTTTGACAGGATGCCGGCTCGAGATGTCATCA
aagaaaat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tacgtttgtcacggtcctcaacgcttgcgagaagccgtcaagcctggcctttgggaagaaaatccacgctttggctgtggaagctggatacgagccggagCTGATCGTCGGAAACGCTACCGTCAACATGTATGGGAAGTGTGGGAGCCTCGAAGATGCATACGCAGTGTTTGACAGGATGCCGGCTCGAGATGTCATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- -gtttgtc
- - - - - - ggtcctc
- - - - - - - - - - -cgcttgc
- - - - - - - - - - - - - - -agaagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagcctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctggat